تنتشر الأحياء الدقيقة في الهواء والمياه والغذاء والتربة وفي جذور الكثير من النباتات، وفي جسم الإنسان والحيوان وعلى جلده، وتقوم بدور أساسي في بنية النظم البيئية المختلفة بسبب انتشارها الكبير وقدراتها الكيميائية التي تسمح لها بإحداث تغيرات كبيرة في الأوساط التي تحيا فيها. يشبه بعض الباحثين الأحياء الدقيقة بمصانع صغيرة، فبعضها قادر على تفكيك المخلفات العضوية بمختلف أشكالها وإعادة تدويرها، وبعضها قادر على التوسط في إنتاج بعض الأغذية بما فيها منتجات الحليب وحموض أمينية وبعض المواد البروتينية وإنتاج الكحول والخل والصادات الحيوية. كما أن بعضها ينتج النفط وبعضها الآخر يفككه، فيفيد في حالات التلوث النفطي، كما أن بعضها يستطيع تفكيك المبيدات. ولكن بالمقابل بعضها الآخر ممرض للإنسان والنبات والحيوان.
